主题：用于单细胞测序分析和谱系追踪的可扩展生物信息学算法

时间：2023年5月22日15:00-16:00

地点：0638太阳集团C1-107阶梯教室

主讲人：何永基（Joshua Ho）

主持人：王鑫

报告语言：英文

报告摘要:

单细胞RNA-seq（scRNA-seq）分析在生物医学研究的许多领域得到了广泛的采用。大量的scRNA-seq数据正在快速生成。尽管如此，快速有效地处理大量scRNA-seq数据仍然具有挑战性。基于我们团队在开发可扩展生物信息学工具方面的开创性经验，我们开发了一套云加速的scRNA-seq分析工具，以高度可扩展的方式有效地处理read-level信息。在本次演讲中，将展示开发的一些工具，以实现大规模单细胞RNA-seq分析。此外，我们将讨论能够将线粒体中的体细胞遗传变异用作scRNA-seq数据中的内源性谱系追踪标记（markers）的新方法，将展示使用这种类型的新型谱系追踪技术用于使用人类临床肿瘤样本的癌症研究。

Single cell RNA-seq (scRNA-seq) analysis is gaining widespread adoption in many areas of biomedical research. A large amount of scRNA-seq data are being generated at a rapid rate. Nonetheless, it is challenging to quickly and efficiently process a large collection of scRNA-seq data. Extending our team’s pioneering experience in developing scalable bioinformatics tools, we have developed a suite of cloud-accelerated scRNA-seq analysis tools that efficiently process read-level information at a highly scalable manner. In this talk, we will showcase a number of tools that we have developed to enable large-scale single cell RNA-seq analysis. Furthermore, we will discuss new methods that enable somatic genetic variants in mitochondria to be used as endogenous lineage tracing markers in scRNA-seq data. We will showcase the use of this type of novel lineage tracing technology to study cancer using human clinical tumour samples.

主讲人简介:

何永基博士（Dr Joshua Ho）现任香港大学李嘉诚医学院生物医学学院副教授及医卫大数据深析实验室首席科学家。他于悉尼大学获得生物信息学理学士学位（一级荣誉）及博士学位，其后在哈佛医学院接受博士后培训。他的主要研究项目为开发崭新的计算方法，并应用于单细胞 RNA-seq 分析、宏基因组学及数码医疗。此外，他曾在Nature、Nature Communications, Genome Biology、Nucleic Acids Research 及 Science Signaling 等领先学术期刊上发表过一百二十篇论文。何博士目前为香港大学泛组学科研中心生物信息学部学术负责人，以及学术期刊 Biophysical Reviews 的执行编辑。